Le contrôle sanitaire des eaux de baignade est mis en œuvre à l'échelon préfectoral par les Agences Régionales de Santé, services déconcentrés du ministère chargé de la santé.

Des prélèvements sont réalisés durant la saison balnéaire sous l’égide des services de l'Agence Régionale de Santé ou par les laboratoires agréés par le ministère chargé de la santé.
La période de suivi couvre l'ensemble de la saison balnéaire qui s'étend en général du 15 juin au 15 septembre.

Le contrôle sanitaire porte sur l’ensemble des zones accessibles au public où la baignade est habituellement pratiquée par un nombre important de baigneurs et qui n’ont pas fait l’objet d’un arrêté d’interdiction. En pratique, il s’agit de zones fréquentées de façon non occasionnelle où la fréquentation instantanée pendant la saison balnéaire est supérieure à 10 baigneurs. Ce ou ces points de prélèvement(s) toujours identique(s) est (sont) défini(s) dans la zone de fréquentation maximale des baigneurs.